Засгийн газрын тусгай сангийн тухай хуулиар нийт 25 тусгай сан үйл ажиллагаа явуулж байна.

Тусгай сан нь Засгийн газрын тодорхой чиг үүрэг, зорилтыг санхүүжүүлэх зориулалттай төсвийн тусгай дансыг хэлдэг юм. Засгийн газрын 25 сангаар хэчнээн төгрөг эргэлддэг, тэр мөнгө хэрхэн цуглардаг, хэн тэр санхүүжилтийг авдаг нь тодорхойгүй. Засгийн газрын шилэн ажиллагааны хүрээнд эдгээр 25 сангийн үйл ажиллагаа, санхүүжүүлсэн төсөл хөтөлбөр, татан төвлөрүүлсэн хөрөнгө, зарцуулалтыг ил болгохоор ажиллаж байгаа аж. Эхний ээлжинд 12 сангийн хөрөнгийн зарцуулалтын талаарх мэдээллийг ил тод, нээлттэй болгох албан хүсэлтийг өнгөрсөн долоо хоногт хамаарах есөн сайдад хүргүүлжээ. Гэвч одоогийн байдлаар энэхүү ажил дорвитой урагшлахгүй байна.

Мэдээлэл нь ил болж байсан ганц нэг сангуудын төсөл хөтөлбөрийн санхүүжилтийг улс төрд нөлөө бүхий этгээдүүд авсан нь илчлэгдэж байсан. Тухайлбал, Жижиг, дунд үйлдвэрийг хөгжүүлэх сангаас нэр бүхий улс төрчид нөлөө бүхий байдлаа ашиглан хамаарал бүхий компани, хүмүүстээ авч өгсөн байсан. Мөн саяхан Боловсролын зээлийн сангийн олгосон зээлүүдийг үзвэл мөн л улс төрд нөлөө бүхий этгээдүүд, тэдний хамаарал бүхий хүмүүс сурсан байгаа юм. Тиймээс Засгийн газрын сангуудад төвлөрсөн мөнгийг улс төрд нөлөө бүхий этгээдүүд завшдаг уу гэдэг асуулт гарч байна.

Засгийн газрын дэргэдэх тусгай сангууд:

-Байгаль орчин, уур амьсгалын сан;

-Боловсролын зээлийн сан;

-Бүх нийтийн үйлчилгээний үүргийн сан;

-Гэмт хэргийн хохирогчид нөхөн төлбөр олгох сан;

-Жижиг, дунд үйлдвэрийг хөгжүүлэх сан;

-Засгийн газрын нөөц сан;

-Зэвсэгт хүчний хөгжлийн сан;

-Ирээдүйн өв сан;

-Кино урлагийг дэмжих сан;

-Мэргэжлийн боловсрол, сургалтыг дэмжих сан;

-Нийгмийн даатгалын сан;

-Нийгмийн халамжийн сан;

-Соёл, урлагийг дэмжих сан;

-Спортыг дэмжих сан;

-Төсвийн тогтворжуулалтын сан;

-Улсын авто замын сан;

-Хилийн чанадад байгаа Монгол Улсын иргэдэд туслах сан;

-Хөдөлмөр эрхлэлтийг дэмжих сан;

-Хөдөө аж ахуйг дэмжих сан;

-Шинжлэх ухаан, технологийн сан;

-Эрүүл мэндийг дэмжих сан;

-Эрүүл мэндийн даатгалын сан;

-Өргөн нэвтрүүлэг хөгжүүлэх сан;

-Хүүхдийн төлөө сан;

-Архидан согтуурахтай тэмцэх, урьдчилан сэргийлэх үйл ажиллагааг дэмжих сан гэсэн 25 сан үйл ажиллагаа эрхэлж байна.